Az 1990-es évek végére egyre inkább nyilvánvalóvá vált, hogy az 1980-ban átadott állandó kiállítás elavult, állagában megkopott, s a nagyközönségnek már másra van igénye. Ráadásul a műemlék jellegű épület, a Káptalanház is rászorult egy újabb felújításra, átalakításra. Ezért 1998-2001 között nagyszabású átalakítás zajlott le a múzeumban, és 2001 októberében megnyílt a Víz – Idő című új állandó kiállítás.